無垢のフローリングにラグを敷いても大丈夫でしょうか？南向きの為、日が良くはいります。日焼けしても色の差があまり分かりにくいものがあればそれも教えてほしいです。
フローリングの上にラグを置くことは全く問題ございません。
ただし、おっしゃる通り日焼けによって変色する場合が考えられます。
紫外線カットの窓フィルムやレースカーテンを使用したりと工夫することで対策は可能です。
また、ラグの下も定期的にお掃除することでカビの繁殖などを防げるので、数ヶ月に一度などラグを移動することがいいかと思います。
変色の差が分かりにくいのは針葉樹よりも広葉樹となります。
そして、塗装をすることで色の変化を維持することも可能です。